三宝院由醍醐寺第14代住持胜觉僧正（1057-1129）于1115年兴建，供住持起居之用。目前的建筑是当时作为16世纪修复计划的一环，由丰臣秀吉（1537-1598）于1598年重建而成。超过半数的建筑后来均被日本政府指定为“重要文化财”。“三宝院”之名源于梵文“triratna”的日文译名“三宝”，意指佛教概念“佛、法、僧”。

三宝院内建筑林立，庭园面积超过5000平方米。其中的表书院是桃山时代（1568-1600）建筑及装饰风格的典型代表。拉门上的画作饰以金箔，与早前流行的质朴韵味迥然不同。

三宝院庭园是日本国家特别史迹，亦是特别名胜。庭园的设计独具匠心，可通过最佳的视觉效果于室内欣赏到绝美外景。1598年，丰臣秀吉举办了赫赫有名的赏樱盛会“醍醐花宴”，其后他借此机会，亲自设计并改建了三宝院。时至今日，三宝院依然是颇具人气的赏花之地，而庭园中的石块、池塘、瀑布、青苔等共同构成的自然风景，充满了日本园艺设计的传统元素。

三宝院入口的太阁垂枝樱，是同品种樱花的完美象征。16世纪，丰臣秀吉（1537-1598）决意修复寺院的最大因由，据说便是醉心于醍醐寺的樱花之美。

1598年春天，丰成秀吉从京城周边搜集超过700种樱花，举办赏花盛宴，同时借此重新翻修三宝院。为感谢其对醍醐寺的诸多贡献，如今寺院会于每年4月的第二个星期日举办“丰太阁花见行列”。

水彩画家奥村土牛（1889-1990）以用色鲜艳而闻名。在其作品《醍醐》中，这株垂枝樱亦有展露。该作品颇负盛名，也曾用作邮票图案。2004年，全球首株克隆樱花树被种植于院内垂枝樱附近。

三宝院拥有两处玄关，作为醍醐寺历代住持居住的僧坊，被日本政府指定为“重要文化财”。由小玄关进入的小居室被称为“竹之间”，由大玄关进入的大居室则被称为“富岳之间”。富岳之间的隔壁是等候室，名为“日、月、海之间”。

各居室内皆有屏风装饰，绘以竹、樱、时令风景、富士山等景致。“日、月、海之间”的画作绘于1997年，出自现代风景画家滨田泰介（1932-）的手笔，用以纪念1998年三宝院庭园筑庭400周年。醍醐寺所收藏的画作展现出寺院多彩的历史与权力，尤以三宝院10世纪创建以来的作品最为显著。

紧邻三宝院的入口，依次分布着三间接待室，而葵之间即是距离入口最近且面积最大的一间。因为距离入口最近，故地位亦最低，称之为“下段”。其地板高度实则也略低于其余两间。房间名称取自拉门上描绘的“葵祭”。葵祭与祇园祭、时代祭并列京都三大祭典。拉门画出自于石田幽汀（1721-1786）的手笔，目前已严重褪色。画中描绘皇室使节与护卫从下鸭神社经上贺茂神社列队朝北而行，气氛庄严却不失蓬勃生气。

距三宝院玄关最近的三个接待室中，“秋草之间”和“敕使之间”分别为第二、第三间居室。两间居室的建筑样式为标准的传统风格，地位高的房间地板亦越高，面积却越小。

“秋草之间”是第二间居室，面积为15叠（1叠约为1.6平方米），得名于古时日本画及诗歌的常见主题——“秋日七草”。

距玄关最远的敕使之间面积最小（10叠），其地位和地板高度亦属最高。房间的拉门画皆出自于长谷川等伯一派画家的手笔。“敕使之间”的拉门画“竹林花鸟图”，以春日风光为主题，乃日本画的传统题材。当时为表现竹林肃穆氛围而使用的银色颜料虽已氧化发黑，却仍能感受其设计之洗练，不愧是用来恭迎敕使的绝佳之选。

被指定为国宝的唐门，作为进入三宝院的大门，专供朝廷使者通过。唐门建于1599年，于2010年被修复。

整扇门涂以黑漆，并饰有4枚贴金箔的莳绘（漆工技法之一，在还未干燥的漆表面撒上金、银粉）风格纹章，即皇室专用的16瓣菊花纹和桐花纹各2枚。

桐花纹原本是皇室纹章，后因丰臣秀吉（1537-1598）而成为丰臣家的专属家纹。

以表书院著称的三宝院，其主要客室由3个房间构成：下层房间可用作舞台；中层及上层房间高出一阶，使观众更易欣赏到舞台上的演出。舞台曾上演由14世纪发展而来的日本古典歌舞剧“能剧”，同时还时常在其间穿插喜剧“狂言”。

上层的拉门绘有日本画的常见主题——四季变幻的柳树。中层房间的拉门则绘有山峦景致。两个房间的拉门画作者皆不详，可能出自擅长大自然写实描写的长谷川等伯（1539-1610）派门下画家手笔。下层房间的孔雀画，则是由知名动植物画家石田幽汀（1721-1786）所作。

表书院的3个房间皆被日本政府指定为国宝。

上段间的隔扇门绘画以四季之柳为主题，中段间的隔扇绘画描绘了山野风景。上段间、中段间被认为是长谷川等伯(人名)画派的作品。下段间的隔扇绘画是石田幽汀的作品，画的是孔雀和苏铁。