三寶院（國寶）
1115年，醍醐寺第14代住持勝覺僧正（1057-1129）興建三寶院，供住持起居之用。目前的建築是當時作為16世紀修復計劃的一環，由豐臣秀吉（1537-1598）於1598年重建而成。大半建築日後均被日本政府指定為「重要文化財」。「三寶院」的名稱取自梵文「triratna」的日文譯名「三寶」，意指佛教概念「佛、法、僧」。
三寶院由多棟建築及廣達5000平方公尺的庭園構成。以表書院為例，其桃山時代（1568-1600）的建築樣式及裝潢風格，便頗為典型。拉門上的畫作飾以金箔，與早前流行的質樸韻味迥然不同。
三寶院庭園是日本國家特別史跡，亦是特別名勝。庭園的設計獨具匠心，可透過最佳的視覺效果於室內欣賞到絕美外景。1598年，豐臣秀吉舉辦了赫赫有名的賞櫻盛會「醍醐花宴」，其後他藉此機會，親自設計並改建了三寶院。時至今日，三寶院依然是熱門的賞花景點，而庭園中的石塊、池塘、瀑布、青苔等共同刻畫出的大自然風景，充滿了日本園藝設計的傳統元素。
玄關
三寶院擁有兩處玄關，作為醍醐寺歷代住持居住的僧坊，被日本政府指定為「重要文化財」。由小玄關進入的小居室稱之為「竹之間」，由大玄關進入的大居室則稱「富嶽之間」。富嶽之間的隔壁是等候室，名為「日、月、海之間」。
各居室內皆飾有屏風，描繪竹、櫻、時令風景、富士山等景致。「日、月、海之間」的畫作繪於1997年，出自現代風景畫家濱田泰介（1932-）的手筆，用以紀念1998年三寶院庭園築庭400週年。醍醐寺所收藏的畫作展現出寺院多彩的歷史與權力，尤以三寶院10世紀創建以來的作品最為顯著。
葵間（重要文化財）
緊鄰三寶院的入口，依次分佈著三間接待室，而葵之間即是距離入口最近且面積最大的一間。由於離入口最近，因此地位亦最低，稱之為「下段」。其地板高度實際上也比其餘兩間稍低一些。房間名稱取自拉門上描繪的「葵祭」。葵祭與祇園祭、時代祭並列京都三大祭典。拉門畫出自於石田幽汀（1721-1786）的手筆，目前已褪色不少。畫中描繪皇室使節與護衛從下鴨神社經上賀茂神社朝北而行，氣氛莊嚴卻不失蓬勃生氣。
葵間
「秋草之間」與「敕使之間」（重要文化財）
離三寶院玄關最近的三個接待室之中，「秋草之間」和「敕使之間」分屬第二、第三間居室。兩間居室的建築樣式為標準的傳統風格，地位高的房間地板亦越高，面積卻越小。
「秋草之間」是第二間居室，面積為15疊（1疊約為1.6平方公尺），得名於古時日本畫及詩歌的常見主題——「秋日七草」。
離玄關最遠的敕使之間面積最小（10疊），其地位和地板高度亦屬最高。房間的拉門畫皆是出自於長谷川等伯一派畫家的手筆。「敕使之間」的拉門畫「竹林花鳥圖」，以描寫春日風光為主題，是日本畫的傳統題材。當時為表現竹林肅穆氛圍而使用的銀色顏料雖已氧化發黑，但仍能感受其構圖之洗練，是用來恭迎敕使的絕佳之選。
秋草之間
敕使之間
唐門（國寶）
被指定為國寶的唐門，作為進入三寶院的大門，專供朝廷使者使用。唐門建於1599年，於2010年被修復。
整扇門塗以黑漆，並飾有4枚貼金箔的蒔繪（漆工技法之一，在還未乾燥的漆表面撒上金、銀粉）風格紋章，即皇室專用的16瓣菊花紋和桐花紋各2枚。
桐花紋原本是皇室紋章，日後因豐臣秀吉（1537-1598）而成為豐臣家專用的家紋。
表書院
以表書院著稱的三寶院，其主要客室由3個房間構成：下層房間可用作舞台；中層及上層房間高出一階，便於觀眾更易欣賞到舞台上的演出。舞台曾上演由14世紀發展而來的日本古典歌舞劇「能劇」，同時還時常在其間穿插喜劇「狂言」。
上層的拉門繪有四季變幻的柳樹，這是日本畫的常見主題。中層房間的拉門則繪有山巒景致。兩個房間的拉門畫作者皆不詳，據信應是出自擅長大自然寫實描寫的長谷川等伯（1539-1610）派門下畫家手筆。下層房間的孔雀畫，則是由知名動植物畫家石田幽汀（1721-1786）創作。
表書院的3個房間皆被日本政府指定為國寶。
表書院、隔扇門繪畫(重點保護文物)
上段間的隔扇門繪畫以四季之柳為主題，中段間的隔扇繪畫描繪了山野風景。上段間、中段間被認為是長谷川等伯(人名)畫派的作品。下段間的隔扇繪畫是石田幽汀的作品，畫的是孔雀和蘇鐵。
龜島與鶴島
鶴與龜在東亞地區是長壽的吉祥象徵，三寶院池中的二島便以這兩種動物命名。龜島形似烏龜，右側的大石宛若頭部，另一側的石頭則若尾巴。其中有一株據信樹齡超過500年的五葉松，其形狀有如龜甲一般。龜島呈現穩重靜謐的氛圍，相較之下，鶴島則充滿動感。松樹根周遭鋪有平坦石塊，可比作展翅欲飛的雙翼，而優雅的石橋就如同仙鶴伸長的脖頸。動靜皆宜的庭園活力十足，不禁喚起觀者的悲喜之情。豐臣秀吉在援建庭園的同時，亦參與了庭院的設計工作，當他在賞花盛宴不久後的1598年離世之時，或許心中也漾起了相同的情緒。他生前僱用了多達300人造庭，甚至彼時最知名的園藝師賢庭亦參與其中，不過還是歷經27年方才竣工。賢庭技術超群，日後甚至被後陽成天皇稱頌為「天下第一」。
龜島
鶴島
賀茂三石
枯山水庭園中有三石，人稱「賀茂三石」。三塊石頭的配置是知名園藝師——賢庭的傑作，演繹京都賀茂川流水的三種樣態。左側石頭為湍急水勢，中間石頭為水流停滯，右側石頭則呈現激流飛濺之景。
藤戶石
藤戶是知名的12世紀戰場，藤戶石被傳為當時戰爭的象徵而保留於世。作為具有勝利之意的藤戶石，在當時的大名（日本封建時代的領主）中廣為人知，最終落入豐臣秀吉（1537–1598）之手。其起初被安放於京都聚樂第的庭園。秀吉於1598年醍醐寺舉辦的賞花活動結束後，命人將藤戶石移放至三寶院中在建的庭園。日後藤戶石便成為庭園中的「主石」。
細觀庭園佈局，藤戶石也可用佛教觀點另作解釋。藤戶石夾在兩塊較小的石頭之間，三塊石頭合稱西方三聖。西方三聖由阿彌陀佛及其他兩位菩薩組成，三者從天而降，展現出迎接信眾進入極樂淨土之姿。
枕流亭
位於庭院東南的建築物就是茶室“枕流亭”。一般茶室的出入口為“跪行口”，而枕流亭則為“貴人口”，不必彎腰即可出入。內部分為三個房間，從南向北依次為上段間、中段間和水屋間。柱子使用的是棕櫚木及栗子木等珍稀木材。
純淨觀（重要文化財）
純淨觀是三寶院內的建築，原是1598年豐臣秀吉（1537-1598）為舉辦賞花盛典而於山腰所建，日後才被遷築至三寶院。
純淨觀的拉門繪有櫻花及紅葉，出自現代風景畫家濱田泰介（1932- ）的手筆，創作於1989年。
本堂（重要文化財）
本堂亦稱彌勒堂，堂內本尊彌勒菩薩像表情極為逼真，被指定為「重要文化財」，是日本歷史上最知名的佛像製作師之一——快慶（12世紀後半-13世紀初）1192年的作品。快慶的雕刻作品外型優雅、比例精緻，是鎌倉時代日本佛教美術中注重寫實風格的代表。雕像高112公分，整體鑲滿金箔，為快慶的典型之作。彌勒菩薩像的左側立有1665年創作的聖寶像，右側則是1667年創作的空海像。
本堂後方是護摩堂，專用於舉辦焚燒護摩儀式。焚燒護摩源自古印度，真言宗與修驗道皆保留此一傳統。信眾相信透過儀式，可燒除凡塵俗慾，根絕人生痛苦之源。
