| 種別 | 国宝・重文区分 | 作品名 |
|---|---|---|
| 絵画 | 国宝 | 絹本著色五大尊像 |
| 絵画 | 国宝 | 絹本著色訶梨帝母像 |
| 絵画 | 国宝 | 絹本著色文殊渡海図 |
| 絵画 | 国宝 | 絹本著色閻魔天像 |
| 古文書 | 国宝 | 後宇多天皇宸翰当流紹隆教誡（三通） |
| 近世以前／その他 | 重要文化財 | 三宝院宝篋印塔 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色大日金輪像 胎蔵界 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色阿弥陀三尊像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色仁王経曼荼羅図 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色大元帥明王像〈丗六臂、八臂、四臂／〉 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色毘沙門天像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色伝釈迦曼荼羅図 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色虚空蔵曼荼羅図 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色大日金輪像 金剛界 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色弥勒菩薩像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色虚空蔵菩薩像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色五秘密像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色愛染明王像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色普賢延命像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色地蔵菩薩像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 紙本墨画不動明王像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色弥勒曼荼羅図 |
| 絵画 | 重要文化財 | 紙本著色十巻抄〈／（第十巻補写）〉 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色両界曼荼羅図 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色般若菩薩曼荼羅図 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色山水屏風〈／六曲屏風〉 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造薬師如来及両脇侍像〈／（金堂安置）〉 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造地蔵菩薩立像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造弥勒菩薩坐像（本堂安置） |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造不動明王坐像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造理源大師坐像（開山堂安置） |
| 古文書 | 重要文化財 | 紙本墨書後宇多天皇宸翰御潅頂御諷誦 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 醍醐雑事記〈巻第七／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 諸寺縁起 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 多羅葉記〈心覚撰／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 江談抄 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 大唐西域記〈巻第十一、巻第十二／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 論語〈巻第七、第八／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 本朝文粋〈巻第六残巻／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 東大寺要録〈巻第一、二／〉 |
| 工芸品 | 重要文化財 | 鍍金輪宝羯磨紋戒体筥 |
| 工芸品 | 重要文化財 | 金銅両界曼荼羅 |
| 工芸品 | 重要文化財 | 石燈籠 |
| 工芸品 | 重要文化財 | 沃懸地螺鈿説相箱 |
