| 種別 | 国宝・重文区分 | 作品名 |
|---|---|---|
| 近世以前／寺院 | 国宝 | 醍醐寺薬師堂 |
| 近世以前／寺院 | 国宝 | 醍醐寺金堂 |
| 近世以前／寺院 | 国宝 | 醍醐寺五重塔 |
| 絵画 | 国宝 | 五重塔初重壁画（板絵著色） |
| 彫刻 | 国宝 | 木造薬師如来及両脇侍像（薬師堂安置） |
| 古文書 | 国宝 | 理源大師筆処分状（延喜七年六月二日） |
| 古文書 | 国宝 | 狸毛筆奉献表〈伝弘法大師筆／〉 |
| 書跡・典籍 | 国宝 | 大日経開題〈弘法大師筆／〉 |
| 古文書 | 国宝 | 醍醐寺文書（旧「醍醐寺文書」） |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色金剛夜叉明王像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 絹本著色大威徳明王像 |
| 絵画 | 重要文化財 | 紙本墨画密教図像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造閻魔天像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造帝釈天騎象像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造吉祥天立像 |
| 彫刻 | 国宝 | 木造虚空蔵菩薩立像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造阿弥陀如来坐像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造如意輪観音坐像〈／（清滝堂安置）〉 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造金剛力士立像（所在西大門） |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造五大明王像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 銅造阿弥陀如来坐像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造不動明王坐像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造千手観音立像 |
| 彫刻 | 重要文化財 | 木造五大明王像（五大堂安置） |
| 古文書 | 重要文化財 | 僧網牒〈（延喜八年二月廿一日／聖宝、観賢等署判）〉 |
| 古文書 | 重要文化財 | 東南院院主房起請〈（延喜七年二月十三日）／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 黄紙墨書浄名経集註〈巻第九／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 法華経釈文〈仲算撰／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 孔雀経音義〈真寂法親王撰／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 仏制比丘六物図 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 醍醐根本僧正略伝 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 性霊集〈／法助准后跋〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 随佛念誦要訣〈淳祐筆／〉 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 菩提荘厳陀羅尼 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 無垢浄光根本陀羅尼 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 一切如来心秘密全身宝篋陀羅尼 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 千手千眼陀羅尼 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 阿弥陀大真言 |
| 書跡・典籍 | 重要文化財 | 悉曇字母（飛雲紙金銀箔散料紙） |
| 工芸品 | 重要文化財 | 螺鈿如意 |
| 工芸品 | 重要文化財 | 線刻阿弥陀五仏鏡像 |
| 工芸品 | 重要文化財 | 金銅仏具〈如意、九鈷杵、五鈷鈴、金剛盤／〉※（九鈷杵は中国・宋時代） |
| 史跡 | 史跡名勝記念物 | 醍醐寺境内 |
