特別に決められていることではありませんが、まず、お堂の中に入るときは、帽子を取り、ろうそく、線香をつけます。
輪袈裟をつけ、念珠をお持ちの方は念珠を軽く擦り左腕に一層にして掛け、合掌・一礼してから読経します。
読経が終わりましたら念珠を擦り祈願します。一礼してから写経や納め札を納めます。それからご朱印を受けるようにしましょう。念珠の擦り方は、醍醐寺では自分のために祈るときは内側に、他者のために祈るときは外側に擦ります。

ご朱印を頂く際は、ご朱印帳を開いて出しましょう。
納経料を納めるときは、なるべく小銭を用意し、お釣りのないようにしましょう。
特に、混んでいるときには、少しでも時間の短縮になり、他者のためにもなります。
ご朱印を書いてもらったら、当て紙を挿み、家に帰ったらそのままにせずに抜き取りましょう。
ずっと挿みっぱなしだと、どんどんご朱印帳が膨らみ、印がきれいに押せなかったり、帳面が傷みやすくなります。
また、ご朱印帳は、お仏壇に置いて、ご先祖様に参拝した仏様のご報告をするのも良いかもしれませんね。