国宝や重文だけで7万5千点以上、未指定の文化財を含めると、約10万点以上に及ぶ寺宝を収蔵。彫刻、絵画、工芸、古文書など、日本の仏教史や美術史上貴重な資料が収蔵されています。春と秋に特別展を行っています。
上醍醐から下醍醐を含めて約200万坪に及ぶ広大な寺域をもつ醍醐寺には、京都で最も古い天暦5年（951）建立の五重塔をはじめ金堂、薬師堂など歴史的に貴重な建造物、さらには仏像・絵画・工芸品など10万点以上（うち国宝75,537点、重要文化財430点）の寺宝を伝承しています。これらの寺宝は創建以来、歴史の座主を中心に多くの僧侶たちによるたえまない努力と人々の祈りによって、守りつづけられてきました。
「醍醐寺霊宝館」は、これらの貴重な寺宝の保存と公開を兼ねた施設として昭和5年(1930)の醍醐天皇千百年御遠忌に計画され、昭和10年(1935)に開館。昭和54年(1979)に新収蔵庫3棟を新築。平成13年(2001)には上醍醐薬師堂の本尊である国宝・薬師三尊像を中央に安置する大展示室を増築しました。
また、上醍醐五大堂に安置されていた重文「木造五大明王像」も平成26年（2014）に初めて山を下り、霊宝館に遷座されております。現在は、諸堂に祀られている諸尊以外のほとんどの寺宝は「霊宝館」に安置しており、みなさまにご拝観していただけるよう、順次公開しております。